Le référentiel taxonomique comprend les noms des taxons spécifiques ou infra-spécifiques présents en Polynésie française, avec les taxons hiérarchiquement supérieurs dont ils dépendent : le genre et la famille, avec parfois des taxons de rang intermédiaire : sous-genre et tribu ou supérieur : de l'ordre au règne. Les noms corrects figurent aussi bien que leurs synonymes.

Les noms sont conformes au code international de la nomenclature botanique (ICBN, 2006).
Le référentiel taxonomique reflète la classification retenue pour les taxons supra-génériques (Cronquist, 1988, Kramer et al., 1990, APG II, 2003).
Des ouvrages comme Drake, Fl. Pol. franç. (1892) et Ill. fl. ins. pacif. (1892), Nadeaud, Énum pl. Tahiti (1873), ainsi que Brown, Fl. Southeastern Polyn. (1920-1935) ou plus récemment Fl. Pol. franç. (1997 et 2004) ont servi de base à sa réalisation en ce qui concerne les taxons de la Polynésie française.